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A palavra "Ubatuba" tem origem tupi e tem pelo menos duas interpretações:
Em tupi, ubá significa canoa, enquanto u'ubá significa cana-do-rio, que é uma gramínea que era utilizada na confecção de flechas pelos índios.
Como tyba indica "ajuntamento", o nome da cidade pode significar tanto "ajuntamento de canas-do-rio" quanto "ajuntamento de canoas".
Fonte: Wikipedia